El presente artículo es resultado de la investigación denominada “La Jurisdicción Especial Indígena, más allá del mandato constitucional”, cuya hipótesis está planteada, desde el Estado, para mostrar que la operatividad o el cumplimiento de los derechos especiales y fundamentales entre las comunidades indígenas colombianas ha venido aplazándose cada vez más por múltiples razones (de tipo económico y político, esencialmente); pero, si además no se asume el compromiso de lo consignado, gran parte de la población no alcanzará al disfrute de estos beneficios que el Estado Liberal de 1991 les otorgó.El objetivo general es identificar los elementos que han propiciado el no cumplimiento del 246 constitucional, o sea, el no desarrollo pleno de la Jurisdicción Especial Indígena en Colombia, sus más grandes limitaciones, y por supuesto, sus más importante logros. Para ello la investigación debió seguir tres momentos específicos plasmados en el texto a manera de capítulos. El primero, denominado “Logros y limitaciones de la Jurisdicción Especial Indígena en Colombia”; el segundo, “Implicaciones del conflicto armado interno en el desarrollo y evolución de la jurisdicción especial indígena en Colombia”; y el tercero, y que se presenta en este texto, “Administración de justicia en la Jurisdicción Especial Indígena”, establece la administración judicial como primer elemento constitutivo de la autonomía indígena, su situación frente a la justicia nacional, su verdadero grado de autonomía, su regulación interna, y la existencia o no del denominado “pluralismo jurídico”.Teóricamente se siguió a J. Habermas y W. Kimlycka, desde una perspectiva integracionista que no niega la necesidad de la vinculación cultural, pero que no implica el desarraigo o la aculturación, por el contrario, vista desde la posibilidad de la participación social de los grupos étnicamente minoritarios en una cultura mayoritaria de la cual necesita conocer y estar atenta para reclamar y formar parte de sus agendas y proyectos, y para recibir los beneficios que como nación les corresponde, sin abandonar sus raíces culturales que tanto les identifican, y que a nosotros nos definen.Metodológicamente se recurrió al análisis, la síntesis y la crítica, como métodos permanentes a lo largo de todo el texto; a la hermenéutica, que permitió el trabajo jurisprudencial y normativo; al histórico, que dio lugar al reconocimiento del problema con algunos elementos de causalidad; y, como parte del método práctico, a la entrevista, como instrumento que permitió validar de viva fuente cada una de las afirmaciones que se anotan, contrastando la realidad con la teoría.