El objetivo de este artículo de investigación consiste en evaluar la calidad de las integraciones sistémicas entre los procesos de investigación - docencia y proyección social y su impacto en los niveles de calidad educativa integral, a partir las percepciones que se obtuvieron de un grupo de directivos de diferentes instituciones de educación superior (IES) colombianas sobre estos importantes temas. La metodología empleada es de tipo cualitativo, centrada en entrevistas en profundidad, efectuadas a directivos universitarios colombianos. Los resultados muestran que la percepción no es positiva en cuanto a la calidad de dicha integración y su impacto se torna negativo sobre la calidad educativa integral en las IES colombianas, dado que no se detecta un modelo de gestión que potencialice la producción y acumulación de conocimiento a partir de los resultados de la investigación y estos no se integran adecuadamente a la actualización y desarrollo curricular en las diferentes disciplinas ni en sus esquemas pedagógicos, y por otro lado, no existe una interacción efectiva que conecte los conocimientos generados o reelaborados para desarrollar competencias y ensanchar las capacidades para la resolución de problemas reales en los campos de actuación profesional, que posibiliten verdaderas transformaciones socioeconómicas y culturales, todo lo cual no sustenta una calidad de la educación en las IES colombianas de un nivel competitivo en el plano internacional, por razones que se analizan en este artículo. Para ello partimos de las respuestas emitidas por los directivos y la interpretación crítica de la revisión documental sobre aspectos clave que giran alrededor de la estructura, el modelo de gestión del conocimiento y la gestión del capital intelectual a nivel de las IES colombianas.