El artículo tiene como objetivo analizar y comparar cuáles son las actividades de ciencia, tecnología e innovación donde invierten las empresas innovadoras del sector manufacturero y de servicios en Colombia, y cuáles son las fuentes de recursos utilizadas. Para su logro, después de una breve reseña utilizando datos agregados de la inversión en innovación y su financiación en el país, se hace uso de las Encuestas de Desarrollo e Innovación Tecnológica de la Industria Manufacturera [EDIT IV (2007-2008), EDIT VI (2011 - 2012) y de servicios EDITS III (2010-2011)] elaboradas por el Departamento Administrativo Nacional de Estadística - DANE. Para el análisis e interpretación de la información se sigue la teoría económica sobre la financiación empresarial. Los datos de las tres encuestas muestran que a pesar de que existen diferencias entre la inversión y la financiación de la innovación entre los sectores manufacturero y de servicios, estas se centran en la magnitud de la importancia, pero no del escalafón de prioridades para invertir y financiarse: los recursos se usan preferencialmente en la inversión de maquinaria y equipos y la fuente principal de financiación que se emplea son los recursos propios.