El emprendimiento es una de las estrategias usadas para el desarrollo económico tanto de países industrializados como en vías de desarrollo, que puede ser fomentado a través de mecanismos como las incubadoras de empresas. El objetivo de este artículo es presentar las perspectivas y retos de la incubación de empresas en Colombia, a partir de un estudio entre las incubadoras de empresas de Bogotá, Cali y Medellín, que incluyó la revisión de artículos científicos, de páginas web institucionales y entrevistas a expertos. Se encontraron siete incubadoras en estas ciudades, de las cuales dos son de base tecnológica, tres son de apoyo a emprendimientos múltiples y dos apoyan emprendimientos en áreas específicas. Como uno de los principales retos en la incubación de empresas en Colombia, se evidenció la necesidad de una mayor especialización de las incubadoras hacia sectores específicos del conocimiento, y una mayor vinculación con universidades.